同じ得意先、同じ転院日で請求開始月が違う場合、患者毎に請求締日を設定できますか?

患者ごとには設定できません。
該当の患者を請求明細書の入力で事前に×次月請求にしてから確認書(ご使用機器明細リスト)を出力してください。